12.000 anos após os eventos em Genesis Aquarion, os humanos vivem na estrela Vega sob constante ameaça de seres transdimensionais chamados Abdutores. Esses inimigos se originam da estrela irmã de Vega, Altair, e atacam Vega pela vida humana. Como contramedida, uma organização conhecida como Neo-DEAVA foi formada para combater os sequestradores. Eles pilotam trajes de mecha avançados chamados Aquaria e são estritamente separados por gênero. Meninos e meninas não podem entrar em contato; eles são até impedidos de lutar no mesmo campo de batalha. No entanto, os eventos tomam um rumo chocante quando um avançado traje mecha Abductor se junta à briga. Dois adolescentes, Mikono e Amata, são arrastados para o conflito. Sem saber, Amata executa um tabu quando convoca um Aquaria e inicializa o que é chamado de União Proibida entre Aquaria masculino e feminino. Neo-DEAVA fica chocado, e as repercussões das ações de Amata são muito mais abrangentes do que ele imagina. Como ele foi capaz de invocar um Aquaria? Onde ele aprendeu a formar uma União Proibida? E por que Mikono também foi capaz de pilotar o traje mecha?