Joe Higan é um Nukenin – um ex-ninja que escapou de seu clã e está se escondendo de seu passado violento na América rural com sua família. Uma noite, ele é emboscado por uma equipe de assassinos de sua antiga organização que exige uma vingança sangrenta sobre Joe e sua família por traírem seu antigo código. Ressurgindo de sua aparente “morte”, Joe ressurgirá como seu antigo eu – Ninja Kamui – para vingar sua família e amigos. Kamui é um ninja do século 21, um anacronismo sombrio que coloca suas habilidades antigas contra armas de alta tecnologia com sutileza brutal. Ele deve enfrentar assassinos treinados, combater ciborgues e ninjas rivais para derrubar o próprio clã que o criou.